全案29日二審宣判，黃健庭只被高等法院依「幫助逃稅罪」判刑5個月，可易科罰金13萬5千元，不必坐牢。
高院認為，黃健庭雖然收錢替美時公司向退輔會遊說，而美時公司的「飛得順」「雅努麻」藥品，後來也被列入退輔會的常備藥品，但退輔會的進藥流程，必須先由各醫院的專科醫師提出申請，經醫院藥事審議委員會審查通過後報退輔會，再經由退輔會的「各級榮民醫院藥品進用審查委員會」審查通過，才能列入採購。
而本案中，不論竹東榮民醫院或退輔會，採購流程都符合規定，檢察官提供的資料也無黃健庭遊說竹東榮民醫院、退輔會其他委員的證據，而且退輔會採購的「飛得順」、「雅努麻」藥品，價格也低於健保價格，並無圖利美時公司。
高院指出，黃健庭雖是為立法委員，但退輔會的人事、預算及營運狀況是由行政院來監督，再由行政院報給立法院審議，並非直接由立法委員審議，所以難以認定黃健庭有「對職務上行為」收受賄賂或圖利罪的犯行。
另外，有關派頓公司「多肌樂」向衛生署申請更名為「得舒服綻」、向中央健保局申請核定給付部分，也無證據證明黃健庭參與。派頓公司在法庭上說，他們雖有聯繫黃的助理，但聯繫才1、2天，申請案就通過了，不太可能是黃的影響力，而他們會給黃的助理40萬元，目的除了酬謝外，也希望將來可再請託，所以這部分黃雖沒出到力，但也不構成詐欺罪。
最後，羿盛公司的藥品行銷台北、台中榮總部分，檢方提供的資料，也沒有任何黃健庭遊說的直接證據，雖然羿盛有支付黃健庭款項，但並無對價關係，因此也不構成貪污罪。
雖然高院認定貪污、詐欺重罪不成立，但認為黃健庭為了掩飾財產來源，透過助理製做假的捐款收據，替藥商人員逃稅。另外還提供服務處的發票，讓藥商申報交際費，並提供自己的助理讓藥商申報薪資，替藥商逃稅。這些行為都構成「幫助逃稅罪」，合併判刑5個月，得易科罰金。