首先是二地媽祖的預定高度不同,澎湖媽祖比台中的設計高度多出16公尺,台中市府檢討建築相關法令,已將原本規劃的4層樓、36公尺高的基座,降為3層、20公尺高,以配合澎湖媽祖高度,才能通過環評,並加強鋼構防震係數,避免因強震或颱風來襲而倒塌。
第二是載重部分,因台中媽祖的設計重量為1600公噸、澎湖媽祖僅600公噸,相差1000公噸,澎湖媽祖雖然比較輕,應該不至於讓台中媽祖基座超重,但為求謹慎,台中市府建設局仍重新計算基座結構,確認載重配置是否符合澎湖媽祖的設計。
第三是澎湖媽祖的高度驚人,需逐一拆解再跨海運到台中,不僅過程耗時,還得出動許多大型吊掛機具配合。
第四則是媽祖與基座的連接方式,台中市府經過電腦模擬,基座已先預留接合點,無論是澎湖媽祖或新作神像,都可順利接合安座。