陸委會聲明中指出，「中國大陸有關部門完全沒有對外公布相關事證，以含混籠統寥寥數語交待了事，無法令全體臺灣人民信服，也無法說服關注此案的國際社會。」陸委會嚴正重申，要求中國大陸有關部門儘速公布本案具體事證、儘速同意家屬進行探視、儘速依兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議進行通報，並應保障其應有的司法權益。
中國大陸指控李明哲涉「顛覆國家政權罪」，依法最重恐判無期徒刑，陸委會強調，在中國大陸有關部門公布相關事證並提供應有權益保障前，中國大陸對李明哲先生指控的任何罪名，我方均無法認同。陸委會表示，政府會繼續協助家屬赴陸探視，並提供一切必要的協助。海基會也在26日近午夜12點發聲明，呼籲大陸有關方面應儘速公布相關事證，避免傷害兩岸關係。
法務部27日凌晨也發聲明，依兩岸司法互助協定，要求應立即通報我方李明哲的現況，並在調查後立即釋放李明哲。
法務部是在大陸國臺辦發布訊息表示李明哲因案已為大陸地區檢察機關批准逮捕後，隨即電傳大陸最高人民檢察院及公安部，要求基於兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議之精神，就李明哲之現況即刻通報我方。於本案調查期間，並應務必保障李明哲之身體健康、人身安全及訴訟法上之權益，尤應保障其選任辯護人之權利。
李明哲與家人失聯已逾兩個月，家屬對其安危至為懸掛，法務部也呼籲大陸應本於人道關懷，同意協助家屬探視，於本案調查完畢後應即釋放李明哲。
