但本刊訪查時任特偵組成員，發現早在前任檢察總長黃世銘任內，就已完成三中案調查，承辦檢察官連簽結報告都寫好，還上簽給黃世銘，召開專案會議討論，並達成共識準備簽結，不料，後來發生馬王政爭，黃世銘自顧不暇，在陣陣逼退聲中，將三中案擱置，只差臨門一腳就走完程序。
黃世銘任內 完成調查
總長顏大和上任後僅補足程序，核准簽結三中案，有檢察官為顏叫屈，顏大和也向本刊強調：「前任總長黃世銘很認真，承辦檢察官也查得很仔細，對外界質疑的地方也一一提出說明。」
本刊調查，三中案是前行政院長游錫堃擔任立委時，在2006年11月底告發，由高檢署查黑中心立案調查，直到2007年4月2日特偵組掛牌成立後，才改由特偵組接手調查；後來特偵組雖經多次改組，但對三中案的調查仍未停歇。歷經8年5任檢察官偵辦此案，曾經一度要發動搜索，但當時北檢偵辦前新北市副市長許志堅等案，恰巧與特偵組手上的國發院土地交易案部分案情重疊，怕打草驚蛇，所以被迫暫緩，但仍續查三中其餘案件。
過程中，也把從士檢地檢署檢察官楊淑芬手中要來的案件，有關蔡正元不屬特偵組職掌範圍再發交回士檢重辦，事後蔡正元有部分還被起訴。至於其他三中案在2013年8月12日完成調查，撰寫了上百頁的簽結報告，並經承辦檢察官的主任蓋章，再交由當時的檢察總長黃世銘核閱。
掀馬王政爭 簽結擱置
黃世銘收到報告後，邀集特偵組三位組長及承辦檢察官開會逐一討論疑點，但因案情複雜，決定9月4日再開一次會議研商。
未料，同年8月31日，黃世銘在颱風夜前夕，直奔總統官邸向馬英九報告關說案情，不但引爆馬王政爭，9月4日當天馬突然要求黃至行政院向閣揆江宜樺報告案情，三中案專案會議因此取消。後來黃因向馬報告關說案成為眾矢之的，甚至淪為洩密案被告，同年11月遭北檢起訴，隔年3月被判有罪下台，原訂簽結的三中案即遭擱置。
直到顏大和上任，特偵組向他報告承辦案件進度時，才又將等待核准簽結的三中案重新提出，當時公文僅就三中案是否包裹簽結，還是把國發院土地交易案及大安醫院等案分開處理，要他決定，顏大和最後批示一併簽結。
本刊調查，由於三中案案情複雜，顏大和為了讓外界瞭解簽結理由，當時要求特偵組利用8月2日及3日週末假期，趕工製作Q&A問答表，才選在8月4日週一上班日召開記者會，並非要趁8月1日發生高雄氣爆、國難當頭時宣布簽結三中等案，但因時間點巧合，讓外界誤解，才會被轟得滿頭包。
