1996年，賴清德初次在台南市參選國大代表，就以4萬1083票，該選區最高票當選；同年7月，賴首次申報財產。賴與妻子名下財產包括台南市永華路土地、建物各1筆；小客車2輛，並未申報其他財產（依法現金、存款、有價證券等各項財產價值低於100萬元可免申報），另有債務409萬8千元，其中賴清德名下房貸380萬元，吳玫如名下消費性貸款29萬8千元。當時賴清德與妻子可說是負債大於存款的狀況。
1997年12月，賴清德第2次申報財產，夫妻名下財產中的小客車減少1台，債務減少31萬餘元，其中吳玫如的消費性貸款還清，仍背負377萬9477元房貸。
1998年12月，賴清德第3次財產申報，房產、汽車均不變，但增加申報名下存款167萬330元，房貸減為370萬1745元。同月，賴轉戰立委順利當選。
1999年3月，賴清德第4次申報財產，房產、汽車等均未變動，存款增加為266萬3629元，債務減少為367萬52元。2001年12月，賴順利連任立委。
2002年12月，賴清德第5次申報財產，房產、汽車仍未變動，存款增為719萬1568元，前次申報的367萬房貸已還清，另有為妻子、2個兒子投保的保單共6筆。2003年4月，賴主動更正申報增加2筆為妻子、兒子保的保單。
2003年11月，賴清德第6次申報財產，房產、汽車、保單均未變動，存款減為485萬234元，並且首度申報票面價值473萬餘元的5檔股票，包括台塑、聯華電子、明碁電通、正文科技、頎邦科技。
2004年11月，賴第7次申報財產，房產、汽車未變，存款增為567萬6438元，保單增為11筆，前次申報的股票雖全數歸零，但增加了在2個兒子名下，價值283萬2582元的2檔基金。2004年12月，賴再次連任立委。
2005年11月，賴第8次申報財產，房產未變動，妻子名下汽車已無申報，存款減為436萬9700元，保單增為12筆，2個兒子名下共10筆基金，總值增為766萬2656元。
2006年12月，賴第9次申報財產，房產未變動，賴名下增加1輛2000c.c.小客車，存款減為419萬7742元，保單減為9筆。前次申報基金歸零，但新增總值2460萬5685元的債券5筆。
2007年11月，賴第10次申報財產，房產增加1筆台北縣萬里鄉土地，是繼承得來財產；汽車、保單未變動，存款減為416萬元1891元，其他有價證券申報2筆，價值2416萬2613元。2008年1月，賴3度連任立委。
2008年10月，賴第11次申報財產，他在各項房產加註取得價值，包括永華路房產，土地218萬元、建物342萬元，台北縣萬里鄉繼承土地價值115萬元；名下汽車品牌為TOYOTA CAMRY，取得價格75萬元。名下存款減為362萬9858元，保單減為8筆，有價證券申報1筆，總價2687萬8786元。
2009年12月，賴第12次申報財產，長子成年不再申報，名下房產、汽車均未變動；存款增為383萬8051元，保單減為7筆，價值1305萬6216元；有價證券1筆，價值2819萬1408元。2010年11月，賴清德當選台南市長。
2011年1月，賴第13次申報財產，萬里鄉土地已不在賴名下，其餘房地產、汽車未變動，存款減為325萬3835元，保單減為6筆，另申報有價證券2筆，2598萬9745元。
2012年12月，賴第14次申報財產，小兒子成年不再申報，夫妻名下房產、車輛未變動，存款增為331萬1198元，保單僅剩2筆，另有有價證券2筆，總值2659萬7325元。
2013年12月，賴第15次申報財產，房產、車輛未變動，存款減為328萬2581元，保單增為3筆，另有有價證券2筆，總值2680萬8045元。
2014年11月，賴第16次申報財產，房產、車輛未變動，存款減為130萬193元，保單一樣是3筆，有價證券1筆，價值2722萬7772元。同月，賴連任台南市長。
2015年12月，賴第17次申報財產，房產、車輛未變動，存款增為698萬8730元，保單增為4筆，有價證券1筆，價值2859萬8264元。台南市政府當時曾解釋存款大量增加是因2014選後的2100萬元選舉補助款從事公益捐款剩餘與市長薪水收入。
賴清德最近一次財產申報是去年11月，名下房產、車輛均與前次相同，存款減為538萬9230元，保單仍是4筆，另有有價證券1筆，價值2735萬4284元。
