當下午4時10分左右，全代會通過2018縣市長及議員提名條例後，會議中場休息5分鐘。繼續開會時，主席蔡英文說：「有一個問題，就是我們現在現場的人數是不是...」她隨即要求清點人數。清點人數後，民進黨祕書長洪耀福宣布，經議事人員清查，過半數要296人，現場僅有135人。蔡隨即表示，因現場人數不夠，中常委先到後方討論，會議休息。
經過30分鐘後，繼續開會，蔡英文裁示先宣讀大會宣言。但工作人宣宣讀到一半，蕭永達就到工作人員處嗆聲：「不算！不算！」讓宣讀中斷。高雄市長陳菊、中常委劉櫂豪、陳明文等人都要蕭有意見等宣讀後再提，但蕭永達一再強調，人數不足宣讀無效。當蔡英文說：「有效無效沒關係！」才讓宣言繼續宣讀完畢。
之後，民進黨團總召柯建銘在台上表示，對陳水扁關心大家都知道，但不希望大家為了這個案子不愉快，今天的事實就是人數不夠，之後全部提案會送交中執會討論。蕭永達在台下仍喊：「反對！」但柯僅回應：「人數不夠，沒有任何人為作為嘛！」發起赦扁提案的高雄市議員鄭新助接著發言質疑，前面中執會的案子弄到4點多，「主席故意休息5分鐘讓人放尿，就把人放走！」
在幾位支持赦扁案的黨代表接連發言後，蔡英文說：「說給我聽的，我都聽了，黨代表提案有17案，不是只有1案，拜託各位黨代表，交給中執會研議。」蕭永達仍喊：「反對！」蔡英文無奈說：「那要怎麼辦呢？」
蕭永達說：「應按照議事規則處理，我動議清點人數！」蔡英文回應，人數已清點過，因不足法定人數，會議沒辦法進行法律處理，可以將建議寫入會議記錄，是在場的人的共同意見，並註記哪些人反對。但蕭永達仍表達反對。
最後，蔡英文裁示，因為最後做成的不是法律上有效的決議，而是在場的黨代表共同的看法，有反對意見者就註記，並列入會議記錄。此外，大會宣言也無法做成法律決議，但可以做成事實上同意的會議紀錄，反對者也同樣以註記處理。隨即宣布散會。民進黨發言人張志豪會後表示，最後現場並沒有任何一位黨代表到議事組註記不同意見、反對意見。
全代會前，「台灣地方議會特赦阿扁總統大聯盟」就開記者會表示將在會中提出變更議程，把特赦前總統陳水扁提案由第10案提前到第1案。
聯盟總幹事、高雄市議員蕭永達表示，變更議程不是要給蔡英文壓力，因擔心全代會通過縣市長、議員提名條例後，現場黨代表人數會剩不到半數，恐被少數人否決有8成5連署率的赦扁案，才決定提變更議程。他也喊話，若該提案沒通過，「表示民進黨開黨代表大會是在玩假的！」
全代會開始後，蕭永達就提出變更議程提案，他表示，陳水扁對台灣貢獻遠大於他所犯的錯，對民進黨貢獻也遠大於負債，既然連署已經超過8成黨代表，蔡英文總統應該承擔責任，「這不用研議，中執會也無法處理。」
高雄市長陳菊隨即發言表示，因黨代表議程都是中常會通過，希望等黨版議程討論後，再提變更議程，「希望所有黨代表稍安勿躁」。蔡英文接著說：「就照陳菊中常委提案來處理好不好？」現場黨代表鼓掌通過。
