余文出獄後，仍回到台北市政府上班，對於這段經歷，余文曾表示，上帝開了他一個玩笑，讓他有不同的人生體驗，但還能回來當公務員，他覺得已很幸福。
馬英九眾多官司中，大巨蛋案的前台北市財政局長李述德，後來還被派任擔任財政部長，大巨蛋議約時，他明知市府因取得大巨蛋案土地已舉債，每年需支付3.7億元利息。
但他竟誆稱「後來府裡研究之後，認為我們今天要提一些營運權利金，將來在都市計畫變更的時候，可能還是會有一些疑義，所以我們2個擺在一起，不要一隻牛剝兩次皮，對市府不利，對他們也不利」，同意遠雄無須支付市府營運權利金，遭檢方起訴求刑10年。
由於李述德一肩扛，沒有咬馬，可能也會讓馬英九在大巨蛋案全身而退。不過，三中案交易時，2005年12月24日，余建新旗下的榮麗投資與中投公司簽訂購買中廣、中視及中影的華夏投資公司股權，總價金為新台幣40億元，並且承受華夏53億元的負債。
但後來余建新只想要買中視，依當時中視股價市值計算，大約是10多億元，如果改用資產負債表計算，就會出現4億8000萬元的價差，根據中投在12年前的會議錄音檔，與會者有人主張應該以股票市值賣才合理，但也有人認為該採資產負債表。
2派意見爭執不下，遲遲無法作出結論，最後突然有一個人「出聲」裁示，「那就回饋給他」，聲音經過辨識指認，就是馬英九本人，馬口中回饋的對象正是余建新，也因為他的一句話，讓國民黨中投平白損失4億8000萬元。
除了會議錄音光碟錄到馬涉案的鐵證外，涉及中影案的前立委蔡正元，日前被收押時也頻頻大爆料，供稱張哲琛及汪海清曾向他透露，中視市值約12億到15億元，但余建新最後卻以8億9000多萬元就取得中視。
蔡正元的供詞緊緊咬住國民黨中央涉嫌賤賣黨產，而且余建新僅支付4億元簽約金，就趕在當年12月26日辦理過戶，交易模式很不尋常，對於身邊昔日心腹緊咬，恐讓馬英九臉都綠了。
