針對這次高教深耕計畫，教育部長潘文忠指出，除了四所核定全球型的學校之外，全球鏈結（Global Taiwan）的研究中心也有24校65個研究中心核定，這些都是各校特色發展具有競爭力的項目，將是代表台灣高教放眼國際，例如中興大學的農業一直是亮點，過去在頂大拿到的經費並不多，這次透過研究中心更能發展出特色。
為了避免高教深耕計畫成為大學排名依據，教育部這次只公布各校核定經費不公布分項，以總經費來說，台大仍居首位，每年將拿到18億元經費，其次是成功大學的11億元、清華與交大都是10億元，這四所也是每年核定經費超過10億元以上的大學。
但台大拿到18億元遠比頂大5年500億元時期的30億元少很多，教育部次長姚立德解釋，過去十年在頂大等計畫的推動下，很多大學的硬體建設已經都差不多完成，而且當年還是行政院編列特別預算來支應，以現在政府財政不可能有當年頂大計劃的規模。
細看這次的計畫經費分配，幾所國立大學依舊佔據大量資源，但才剛三校合併的國立高雄科技大學拿到快4億元經費，超過台灣科大的3.1億元，可望以此經費挑戰台科大的技職龍頭寶座。
另外，教育部官員透露，大型的私校如果沒有特色，拿到的高教深耕計畫都無法超過1億元，例如淡江、輔大、東吳、文化與世新等校，希望讓私校能發展特色領域，而非大鍋炒，另外，未來在審核時，也考慮針對私校董事會的預算與決算差距過大納入指標，避免私校一手拿政府補助，一手卻把原本董事會該投資在學校的經費省下來。
公布高教深耕的同時，教育部也表示，高美醫專已經提出停招申請，今年中的新學期將停止招生。
