柯P的兩岸政策主張儘管獲得偏藍的親民黨、新黨及民國黨支持，卻讓偏綠的時代力量、社民黨、台聯等小黨相當不滿，繼民進黨北市基層呼籲黨中央提名自己的台北市長人選後，時代力量立委林昶佐也對外界證實，不排除投入台北市長選戰。
由於柯文哲與時代力量一向互動良好，這次林昶佐表態「不排除參選」，外界解讀是獨派對柯文哲兩岸一家親言論的反彈。時代力量發言人李兆立坦言，兩岸一家親的主張，時代力量無法認同。
不只是時代力量，包括社民黨、台聯等第三勢力，也對柯文哲的兩岸論述存有疑慮。社民黨召集人范雲說，她認為柯的說法「不太妥當」，上屆市長選舉柯代表本土力量，對手連勝文讓外界擔心的就是與中國、財團權貴的關係，「畢竟是動見觀瞻的首都市長，我希望柯市長能清楚地站在守護主權、本土認同的立場！」 在上屆市長選戰中力挺柯P的台聯黨主席劉一德也說：「對柯文哲很有意見的，也只有兩岸啦！」
親柯人士評估，「兩岸一家親」的言論在北市仍有過半民意接受，雙城論壇往年都在舉辦前約1個月，中方才會針對相關行程細節進行最後確認，柯市府並未在第一時間宣布停辦，也是考量避免外界誤會兩岸關係倒退，近期柯文哲與多位獨派大老會面，據悉也是為了爭取「諒解」而採取的滅火行動。
