前檢察總長顏大和在前年底特偵組被廢除時，細數特偵組的前身，他提到特偵組是前總統陳水扁2000年就職後，在最高檢成立偵辦拉法葉艦等軍事採購弊案的特調小組，以及後來高檢成立，專門掃除黑金的查黑中心，後《法院組織法》修正，兩單位合併成特偵組，在扁執政時期的2007年4月2日正式掛牌成立。
不過，諷刺的是，特偵組成立後的首件大案，竟然就是扁家族涉國務機要費等大案，扁卸任後遭特偵組逮捕聲押，在特偵組前高舉雙手上銬的歷史畫面，震撼全國，當時特偵組檢察官還曾一字排開表示「辦不出來就下台」最後扁被判刑定讞入監，特偵組又陸續偵辦前總統李登輝國安密帳案、前立委羅福助炒股案及林益世索賄案。
馬英九在總統任內建議實任法務部長王清峰在檢察官偵訊中，在被告前面設置電腦螢幕，與書記官的電腦相連，讓被告能看到偵訊筆錄，希望對筆錄的正確性與被告等人的保障能有幫助。
馬英九曾質疑侯寬仁筆錄紀載不實，不但爆發下條子追殺侯寬仁爭議，監察院目前也對此案展開調查。馬英九始料未及的是，當初建議透過電腦螢幕輔助來強化筆錄正確性，如今卻反被檢方拿來成為辦案利器，相關人的謊言也被檢方戳破。
