對此，邱太三和記者閒聊時提到，「目前是跟菊姐勾勾纏，她是大姐頭，做小弟的只能耍賴」，對於有媒體提到「菊姐有點生氣」，邱太三也說，「大姐頭就是這樣，沒聽話會不高興，他已經換過很多工作，離開任何工作對他都不是困難。」
至於執行死刑跟阿扁問題是否邱太三離開法務部的原因，邱太三說，這沒有關聯，其實早在520前，他就向行政院長表達要回學校教書的意願，但院長不同意，表示再說，不過，他從亞洲大學借調，每週要義務教學2小時，後來他在北部工作就欠著。
邱太三說，太太聽到他要離開法務部回校教書，高興得半死，但現在被糾纏著，府方當然希望他越快上任越好，但他原本7月中安排要帶太太到日本玩6天，行政院一直沒批准，他只好撤回，他以前每年去日本3、4次，過去這幾年都沒去，連公務去英國3天就被抓回來，這回要好好補償太太。
邱太三說，他從來沒有遺憾過去所做的工作，也沒未自己打分數，這是往臉上貼金，不過，至少有一點值得安慰，大家都蠻喜歡他的，過去輔選陳菊或鄭文燦都與有榮焉。
邱太三說，他聽到講幹話，連理都不想理，但說到專業要討論，他就很有耐性聽，討論完就做決定，也不會為決定後悔，有記者笑說邱太三脫離苦海，邱太三笑著說，「這裡若是苦海，那府裡豈不是火海。」
提到蔡清祥將接任法務部長，邱太三也誇蔡清祥穩健，過去在檢察界評價好，調查局這幾年不論緝毒、重大犯罪偵辦成績都是有目共睹，蔡部長是最佳人選之一，特別是未來的洗錢防制工作，調查局也非常熟悉，蔡清祥接任部長可說是無縫接軌。
至於2位政務次長表達同進退，邱太三也已勸留任，連近日即將批准的二審人事升遷案，邱太三也說，此時不宜由他做出重大決策，將和蔡清祥討論，礙於時間緊迫，人事公文仍將以他的名義發出。
