監委調查報告指出,《大學法》自2005年修正公立大學校長遴選規定至今,僅有台大今年1月10日函報管中閔當選校長案被教育部退回重新辦理。而教育部今年5月函復台大重新辦理理由指出,公立大學校長遴選作業,依法務部100年7月4日的函釋,未排除《行政程序法》第32條及第33條等迴避規定適用。
然而,監察院諮詢15名法政學者與現任、卸任大學校長等專家,認為大學校長遴選應優先適用「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」,不支持教育部見解。監察院認為,教育部對於非其業管法規的《行政程序法》,逕行自行擴張解釋該法主管機關法務部100年7月4日的函釋,顯有違誤。
此外,監察院指出,過去調查陽明大學校長遴選案時,遴委會召集人張鴻仁於2016年6月至2017年12月期間擔任心悅生醫股份有限公司董事,而校長候選人郭旭崧則自2016年9月至2017年12月期間擔任該公司獨立董事,是否導致遴選委員執行職務有偏頗之虞而應迴避?
監察院於今年2月間詢問教育部,教育部卻稱:「《行政程序法》對迴避規定雖設有規定,惟就國立大學校長遴選,應優先適用『國立大學校長遴委會組織及運作辦法』所定之迴避規範」。因此明顯讓陽明大學與台大2校校長遴選相同事實,適用法令不一,而有不同的處理方式。