這次驗票時，發現後空白票短少及灌票及吃票等情形，大安區有一投票所，將61張市長空白票放在市議員票袋，因此傳出有61張空白票不見了，在驗票時由法院人員與選務人員逐袋查看後，證實是虛驚一場，選票並沒有不見。
驗票尾聲時傳出的灌票事件，經查是丁守中被灌了99票，這是發生在萬華的一個投開票所，原本丁守中得票305票，柯文哲是456票，但選務人員卻登錄丁守中得404票，拉近與柯文哲的差距，追查後發現，也是選務人員太累了而誤植。
此外，在信義區的653投開票所，丁守中得票488，姚文智245、柯文哲453，但驗票時也發現有被灌票，3位都各被灌了100票，因此全要扣回來，經查也是選務人員太累了，在登錄票數時筆誤。
此次驗票重新計票後，丁守中得票57萬7,096票，另柯文哲有被少計票，由於丁守中及柯文哲都有被灌票，柯文哲有被吃票，加上1800張爭議票重新判定後加後，柯文哲新得票數為58萬663票，2人票數都變少，柯文哲少了157張，丁守中少了470張，柯文哲擴大領先為3,567票，柯文哲比驗票前多贏313票，丁守中驗票未翻盤，保證金428萬餘元沒收。
知情人士透露，由於灌票的計票不實爭議是對丁守中有利，屬於選務疏失，並不是選務人員故意的違法事項，且沒有影響選舉結果，因此將來選舉訴訟的法庭攻防，丁守中與台北市選委會針對計票不實、領票未蓋章、棄保效應、公投綁大選導致邊開票邊投票等爭點進行攻防，若能證明選務違法且足以影響選舉結果，丁守中即可獲判勝訴，台北市長選舉將重新投票，全案最慢1年內判決確定。
