這次驗票時,發現後空白票短少及灌票及吃票等情形,大安區有一投票所,將61張市長空白票放在市議員票袋,因此傳出有61張空白票不見了,在驗票時由法院人員與選務人員逐袋查看後,證實是虛驚一場,選票並沒有不見。
驗票尾聲時傳出的灌票事件,經查是丁守中被灌了99票,這是發生在萬華的一個投開票所,原本丁守中得票305票,柯文哲是456票,但選務人員卻登錄丁守中得404票,拉近與柯文哲的差距,追查後發現,也是選務人員太累了而誤植。
此外,在信義區的653投開票所,丁守中得票488,姚文智245、柯文哲453,但驗票時也發現有被灌票,3位都各被灌了100票,因此全要扣回來,經查也是選務人員太累了,在登錄票數時筆誤。
此次驗票重新計票後,丁守中得票57萬7,096票,另柯文哲有被少計票,由於丁守中及柯文哲都有被灌票,柯文哲有被吃票,加上1800張爭議票重新判定後加後,柯文哲新得票數為58萬663票,2人票數都變少,柯文哲少了157張,丁守中少了470張,柯文哲擴大領先為3,567票,柯文哲比驗票前多贏313票,丁守中驗票未翻盤,保證金428萬餘元沒收。
知情人士透露,由於灌票的計票不實爭議是對丁守中有利,屬於選務疏失,並不是選務人員故意的違法事項,且沒有影響選舉結果,因此將來選舉訴訟的法庭攻防,丁守中與台北市選委會針對計票不實、領票未蓋章、棄保效應、公投綁大選導致邊開票邊投票等爭點進行攻防,若能證明選務違法且足以影響選舉結果,丁守中即可獲判勝訴,台北市長選舉將重新投票,全案最慢1年內判決確定。