對於高雄市長韓國瑜日前比喻「台獨比梅毒還可怕」，呂秋遠於臉書po文表示，可能因社會上充斥太多幹話，導致許多人對「台獨比梅毒還可怕」這句話無感。呂提出過去國民黨曾在戒嚴時期，創造出「三合一敵人」名詞，指的正是台獨、共產黨及黨外人士，「所以，講這句話的人是在罵祖國是梅毒嗎？」
呂秋遠還針對統獨議題分析，「其實現在藉由台獨，在中國得到好處的人太多，如果沒有台獨，中國需要照顧統派嗎？」他更舉例通關密語，「『我是中國人、我愛祖國、支持九二共識』等語，就可以在中國市場暢行無阻，」要感謝的正是成天被比擬成梅毒的台獨，「沒有了台獨，你的統一不值一毛錢。」
此外，呂秋遠也提出弔詭疑惑，「台灣人還是繼續讓統派用健保、濫用言論自由辱罵台灣總統、主張自己有叛國的自由，遇到中國就把國旗收起來，遇到民進黨就大聲罵出來，」讓他都分不清楚到底誰有病要看醫生了。他最後也不忘呼籲統派，「是不是覺得應該支持蔡英文連任，因為只有她繼續堅持台灣主權獨立，你才有好處啊！」
