此外，政界也有人提到大赦，但依《赦免法》第二條規定，國家元首可對某範圍內的罪犯一律予以赦免，不僅免除刑罰執行，同時除罪。獲大赦者，刑事責任完全歸於消滅；已判有罪確定者，除罪免刑，未判決確定者，則不再追訴。
不過，大赦因屬對某一犯罪全面性赦免，其他犯同罪者都跟著受惠，影響層面太大，加上我國僅在大陸時期對政治犯、犯本刑3年以下之罪，及為慶祝行憲施行共大赦3次，遷台至今從未實施過，該方案的可行性也不高。
但另有綠營人士主張修《會計法》，把國務機要費案也納入特別費中，一併除罪，如此不僅能解決扁的特赦問題，因停審遭無限期限制出境的前總統府副祕書長馬永成及前辦公室主任林德訓，也可藉此解套。
