有媒體報導指出,早在翁啟惠角逐中研院長時,李遠哲便提拔陳建仁當中研院副院長,之後計畫讓陳建仁出任院長,但因蔡英文邀陳建仁擔任副手,才由廖俊智出線。該媒體則爆料,陳建仁卸任副總統後,李遠哲有意支持陳建仁重返中研院,並擔任院長一職。
對此,陳建仁在臉書上表示,此為無中生有的假新聞,嚴重悖離事實,並強調「這是空穴來風、子虛烏有的消息。」,也表示,他現階段的任務就是竭盡心力做好副總統的工作,協助蔡總統順利連任,以及民進黨立委席次過半,盡己所能地繼續捍衛臺灣的民主、自由、法治、人權、與和平繁榮。
陳建仁強調,中研院廖院長就任三年以來,對中研院的發展進步有很大的貢獻,相信他一定可以帶領中研院更上層樓,成為全球頂尖的研究機構之一。最後也呼籲「千萬不要相信假新聞」。