總統府表示，儘管相關免稅菸品是於國內採購發貨，並未經過專機運送，亦與總統出訪行程無關，但相關勤員在公務期間有此失當行為已涉重大違紀，總統得知本案表示震怒，已責令國安局依法進行行政調查，並配合司法單位偵辦。目前並已將吳員調離現職、靜候相關調查。
國安局回應，全案現由司法單位偵辦調查，案情基於「偵查不公開」不便說明。本局後續將秉持「依法行政」、「勿枉勿縱」原則，全力配合偵辦。
財政部關務署表示，本案事先已接獲情資，因此總統座機抵台時，海關人員已經全數查扣相關菸品，目前留置台北關私貨倉庫。
關務署表示，依法民眾出國有1條免稅菸品額度，超過免稅數量在5條以內應向海關申報，可繳納稅金後放行，超過6條就要禁止。未經申報攜帶超量免稅品除沒入，且每條菸要處500元罰鍰，此批私菸將可罰460萬元罰鍰。
