本刊調查，立委黃國昌昨天踢爆國安局夾帶大量免稅菸入境，總統府第一時間澄清沒有菸品上飛機，但因清點數量比黃國昌掌握的5筆訂單、共9200條菸多出12箱、600條，合計達9800條，因而傳出多出來的600條菸品是從國外帶回，總統專機因此被批評淪為走私專機，據了解，府方第一時間也未掌握多出的600條菸來源，後來由調查局系統回報才確認，這些菸品從頭到尾都沒有上飛機。
知情人士透露，吳宗憲雖官拜少校，但卻是全團最菜的行政官，依國安局團購菸品慣例，就是由最菜的人負責收單，在出訪前「關門」，總計就是9200條，但吳隨專機啟程後，陸續還收到單位內其它「學長」追加訂單，礙於人情及軍中倫理，吳根本無從拒絕，所以才會追加第6筆訂單、共600條，但黃國昌只掌握出訪前的5筆訂單，這600條是第二批送到華航保稅倉庫的菸品，與第一批的9200條一起存放，加總在同一個貨倉，並隨專機返台後一起打包上車入關，最後在禮遇車道被攔截清點之後，才會傳出跟爆料的數量不符。
黨政人士指出，國安局利用元首出訪揪團超買免稅菸酒，確為長年陋習，最早可以追溯到前總統李登輝時代的「大安警衛室」，前總統馬英九任內2016年最後一次出訪「久安專案」，也是透過華航訂購近4000條菸品，如今被當成貪污及走私罪來辦，與過去公務員國旅卡「假旅遊、真刷卡」折換現金的情節幾乎類似。
針對整起事件，總統蔡英文23日上午邀集總統府祕書長陳菊、國安會祕書長李大維會商，蔡總統在會中指示，除配合司法單位偵辦外，機關內部也應徹底調查本案，並全面檢視相關流程，瞭解過往長年積習情形，探討流弊成因，以嚴格加以杜絕，蔡總統也指示檢討禮遇規定是否有濫用情形，未來訪團隨員回國行李通關，除涉及國安機敏事宜，均應賦予海關權責，比照一般旅客規定進行查驗。
