蔡英文全國競選辦公室位於台北市北平東路、民進黨中央黨部隔壁的匯泰大樓9樓，競辦目前仍在裝修階段，但決策幕僚群已先後進駐。目前浮出檯面的包括前祕書長洪耀福負責選戰決策，前行政院副院長林錫耀擔任總幹事，中常委沈發惠擔綱組織工作，這組小英嫡系作戰系統也延攬黨內各派系要角組成組織決策委員會。
綠營在總統初選後的整合，未如預期順利，尤其卓榮泰、羅文嘉為主的黨務高層，一直被挺英派批評未顧全勝選大局，是造成雙方人馬劍拔弩張，至今無法整合的關鍵。競辦如何與卓、羅及副秘書長林飛帆等黨中央人馬迅速整合，確實讓綠營輔選高層傷透腦筋。
本刊調查，7月24日競辦舉辦首場組織工作會議，召集各地操盤手，要求在各縣市籌組競辦，並於8月中旬前討論出各地競選總部架構，11月起陸續成立各縣市競總。由於小英是現任總統，要優先拚國政，因此全國競總將與各地競總腳步一致，約11月後才會成立。
小英競辦總幹事林錫耀在當天會議坦言，私菸案對選情確實有傷，但內部民調蔡英文仍領先國民黨候選人韓國瑜5個百分點；林並對黨內信心喊話，強調面對親中的韓國瑜，站穩本土、民主立場的蔡英文沒理由會輸。
相較2016年蔡英文擔任黨主席時，黨中央與小英之友會及競總採一條鞭領導，從競選資源、下達指令到輔選立委都相對單純；這次小英尋求連任的競選組織，民進黨中央經歷初選「英德大戰」後，已相對弱化形同小英競總分部，甚至未被納入決策系統。
「16年總部跟黨部是一體的，但今年的狀況就不是了。」負責操盤的黨政高層直言，早在初選蔡賴開打前，小英就曾預言會造成整合後遺症，就結果來看，小英民調雖被激活、拉抬，產生「鯰魚效應」，但副作用就是堅持維持黨務中立的卓榮泰、羅文嘉等黨務高層，與挺英人馬裂痕難解。
這位高層表示，綠營將利用外界關注鴻海董事長郭台銘、前立法院長王金平是否獨力參選，與國民黨總統候選人韓國瑜分道揚鑣的時機點，全力在9月中前完成整合，以利整體選戰規劃。
