據台北市政府都發局核發的建照,君蔚樓工程造價僅約2,000萬元,林理事長解釋:「2,000萬元是申請執照的估價,是政府規定的價格,以實務經驗來說,頂多增加為1.3到1.5倍,但是北醫的造價竟然貴了5、6倍,未免也太離譜了!更詭異的是,居然還找了一個花蓮的廠商來蓋,怎麼看都覺得奇怪!」
他另質疑,北醫聲稱為了拓展校務,承租位於台北市基隆路二段富邦大樓一半的樓層做為第二校區,一年租金高達1.2億元,還得自行花錢裝修,結果卻被台北市政府認定樓頂設備違反規定,必須拆除。「花那麼多錢租違建,這些錢是誰同意這樣用的?嫌北醫錢太多嗎?」
對於詐領健保費一事,林理事長也認為北醫難辭其咎。他說:「如果是醫生個人行為,把錢拿來中飽私囊,那當然跟北醫無關。問題是病患繳錢給北醫,北醫是直接轉交給醫生嗎?不是吧!其他錢是誰拿走的?為何是北醫負責收錢?金流一查應該就很清楚了,這都是很過分的事!」
針對校友會及部分醫師的指控,北醫校方表示,當年質子治療機的採購合作方案,均依相關流程辦理,君蔚樓公告造價是依政府的規定計算,但實際工程造價仍需依建築物實際發包施作的工程金額為主,大安校區目前都是合法使用的狀況。