馬曉光表示疫情發生後「從對台灣同胞生命健康高度重視的角度出發，大陸多次及時向台灣地區通報疫情防控最新資訊」也表示，截至2月4日，已向台灣通報疫情訊息36次，台方向陸方通報15次。
國台辦也指出，目前在中國大陸的台胞確診3例，疑似病例2例，已及時安排就醫治療。2月3日也協助安排因故滯留湖北的台灣民眾乘坐東方航空春節加班機返台，並表示目前正為其他在湖北希望返台的台胞安排返程。
對於中國「台灣在獲取疫情不存在障礙」說法，陸委會則強調，中華民國是主權國家，台灣從來不是中華人民共和國的一部分，中共政權不能代表台灣。也表示，兩岸在協議下通報合作不代表台灣不需要參與WHO。中共在WHO進行的政治操作，不僅傷害台灣民眾權益，也可能造成國際防疫缺口，強調中共應正視台灣民眾健康安全，立即排除台灣參與WHO的政治干擾。
陸委會副主委邱垂正今（5）日開記者會強調，中方並未和我方溝通第二批返台旅客的名單，並否認2月5日會有第二批返台班機，表示此為中國媒體單向報導，兩岸在溝通實務上並未出現這項訊息。
