大巨蛋案爭議不斷，工程因為現場79處主要構造未按圖施工，違反建築法第58條規定，都發局104年5月20日勒令停工。先前還爆出大巨蛋停工期間，遠雄擅自於機房施作隔音棉，違法施作工程，引發話題。
都發局指出，遠雄日前申請第3次變更設計，歷經7次都市設計審議、2次環差審查、2次防火避難性能審查及通過防火避難模擬，都發局於109年7月16日核准變更設計。遠雄會同承、監造人7月30日提出復工申請。
都發局表示，大巨蛋變更設計案歷經5年多審議，除改正未按圖施工情形外，容納人數大幅下降，並增設安全梯、防火區劃、避難面積；有關建築技術規則第97條安全梯問題，並列管於使用執照前完成變更程序，未完成前將不予核發使用執照。
至於先前擅自施作之消音棉是否仍須拆除部分，因停工處分與消音棉處分為不同之行政處分，復工後消音棉裁處仍將持續執行。雖然遠雄公司針對消音棉處分已提起訴願，惟按訴願法規定，提起訴願不影響行政處分執行，若不拆除仍將連續處以怠金至拆除為止。
