上午9時24分，李登輝家屬與李的骨灰抵達真理大學追思禮拜會場時，與會嘉賓均起立致敬。追思禮拜開始後，首先，由總統蔡英文頒贈褒揚令，由李登輝長女李安娜代表接受。
蔡英文總統在李登輝靈前行三鞠躬禮後致辭，她表示，李前總統是傑出的政治家、農業專家、哲學家，也是虔誠的基督徒，他一生累積的貢獻，造就現在我們生活的台灣。
蔡英文說，年少起，李前總統就在思考人生是什麼，他出國留學，想用農業經濟改變故鄉，壯年時，他進入政府體制，有機會領導國家在民主化浪潮中，成就台灣寧靜革命，12年總統任內，為台灣民主化、本土化奠定基礎，面對充滿挑戰的國際局勢，他領導人民推動務實外交，被推崇為民主先生，內政上，他推動軍隊國家化、經濟自由化，實施全民健保，他為這塊土地作的一切，為台灣發展打下堅實基礎。
蔡英文還說，「民之所欲，常在我心」，不僅李前總統常時掛念，也是台灣人對他的記憶，他卸任後仍關注台灣認同與發展，透過出訪、寫作、演講，一再探問台灣未來往哪裡走，希望台灣走出自己的道路，他讓台灣綻放出燦爛的光芒，「我代表台灣人民向李前總統說一聲謝謝您！」
蔡英文表示，台灣的前途掌握在你我的手中，一定要深化、發揚台灣的民主、自由，要自信、勇敢地走向世界，我們更有責任，要盡一切可能實現身為台灣人的幸福，願李前總統的精神，長存台灣、常伴我們左右。
緊接著，由治喪大員副總統賴清德、行政院長蘇貞昌、立法院長游錫堃、司法院長許宗力、監察院長陳菊、前副總統連戰、蕭萬長、前立法院長王金平、前司法院長翁岳生、前考試院長許水德、前監察院長錢復、總統府祕書長李大維、總統府前祕書長吳伯雄、黃昆輝、國安會祕書長顧立雄、親民黨主席宋楚瑜、辜寬敏、黃崑虎、前央行總裁彭淮南、王文淵、陳博志、台北市長柯文哲、時代力量立委邱顯智、台聯黨主席劉一德、內政部長徐國勇、外交部長吳釗燮、國防部長嚴德發向李登輝遺像行三鞠躬禮致意。
再由賴清德率領蘇貞昌、游錫堃、許宗力、陳菊、考試院長黃榮村為李登輝骨灰覆蓋中華民國國旗。
李登輝追思告別禮拜主會場在真理大學大禮拜堂，邀請卸任總統、治喪大員、政黨各界代表以及家屬所邀請的賓客、親朋好友參與，包括前總統馬英九、陳水扁都會出席。總統府另安排淡江中學大禮拜堂、淡江中學演奏廳2個次會場供追思民眾參與。
日本除派前首相森喜朗率團出席，日本台灣交流協會泉裕泰代表也在追思禮拜會場宣讀日本前首相安倍晉三悼詞，表達對李前總統促進台日友好的感謝，以及李前總統推動台灣民主化之敬意。此外，西藏精神領袖達賴喇嘛亦將透過影片表達對李前總統的追思。對這些國際領袖致哀，總統府均表達歡迎與感謝。
追思儀式依李登輝生前信仰，由基督長老教會統籌追思禮拜流程。啟靈儀式，國軍會依照卸任國家元首身分發矧砲（喪砲）21響代表對前總統、三軍統帥李登輝的追思。
因淡江中學是李登輝母校，移靈車隊會在離開真理大學後，轉往淡江中學巡禮；淡江中學基於對國家卸任元首的尊敬，將敲響21響鐘，代表對已故校友最深的追思與敬意。李登輝骨灰預計10月7日安葬五指山軍人公墓特勳區。
