高鐵目前已全面實施旅客進站體溫測量，連續量測2次額溫達37.5℃之旅客，除將勸導返家休息或就醫外，並將依《傳染病防治法》規定拒絕運送。旅客自進入高鐵車站、搭車至離站，請一律自備口罩並全程佩戴。高鐵公司將依據中央流行疫情指揮中心指引落實執行，敬請旅客遵守相關規定，保護自身與大眾健康安全。
高鐵公司配合政府政策實施防疫措施，車站每2小時即消毒一次，並於售票櫃檯、自動售票機及閘門紅外線體溫量測區域，皆劃設「社交距離」參考線，另於旅客動線上廣設消毒酒精，提供旅客使用。同時，每車次列車於抵達端點站進行折返清潔時，即以酒精進行全面消毒，另每日於收班後再進行一次全車消毒。
高鐵公司強調，將依照中央流行疫情指揮中心及政府頒布之最新防疫指引，持續檢視並適時調整相關措施，並透過車站張貼公告、車站及列車上廣播與車廂內跑馬燈等方式加強宣導，敬請旅客配合。
指揮中心為加強社區防疫，自12月1日起至2月28日，強制要求民眾進入「醫療照護、大眾運輸、生活消費、教育學習、觀展觀賽、休閒娛樂、宗教祭祀、洽公」等八大類場所應佩戴口罩。如無法全程佩戴口罩，如健身房、室內游泳池等地，可採取加大社交距離或人數管制等配套措施。經勸導不聽者，將依違反《傳染病防治法》第37條第1項第6款規定，由地方政府裁罰新台幣3千元以上1萬5千元以下罰鍰。
