日前行政院召集指揮官陳時中召開防疫會議，緊急決議擴大匡列部桃案居家隔離5,000人，遭外界質疑決策多頭馬車，到底誰才是指揮官？並呼籲應提高指揮層級，由蘇貞昌親自擔任指揮官，賴清德也被點名。
陳時中25日解釋，目前我國疫情仍屬「零星社區感染階段」，一旦到了「持續性或廣泛性社區傳播階段」，就會啟動升級指揮層級。侯友宜今早受訪時指出，他去年就建議過很多次，應由行政院統合各部會，一個號令全部動起來，但中央是否採納，他都尊重。
蘇貞昌則表示，行政院在這一年中為了防疫開了許多大大小小的會議，做出很多決策，都是跨部會合作討論出的共識，陳時中在第一線非常辛苦，回報防疫需求，再經跨部會合作、資源整合落實，行政院負責統合調度、做決策，才能有今天的防疫好成績，並肯定陳時中的表現。
