黃芳彥過去曾涉入扁家洗錢案，2009年被列為洗錢等罪被告，他因逃亡美國成為通緝對象。昨晚傳出黃芳彥在美過世消息，其胞弟黃重彥昨晚也證實此事，已獲告得知他陳屍在車上，懷疑哥哥死因並非自殺，可能是服用安眠藥與喝酒所致。不過根據《世界日報》報導指出，橙縣法醫所驗屍官辦公室表示，黃芳彥是自殺身亡、死於槍傷，並非外傳服藥過量。
得知好友黃芳彥過世消息，陳水扁昨深夜於臉書po出哀悼文，指本月16日才剛接到黃打來的電話，對扁媽過世表達哀悼與慰問之意，如今卻聽到黃的死訊，陳水扁感嘆直呼，「簡直沒辦法相信這是真的。」
陳水扁也回想起2003年抗SARS期間，在和平醫院封院後，黃曾到玉山官邸向他報告封院「是不對的」，並建請總統應站出來召開國安高層會議才能有效解決。「由於我沒有這一方面的專業和經驗，我要黃醫師私下跟行政部門及北部醫學中心的大院長溝通協調，必要時總統再出面處理。」
根據當時三軍總醫院院長陳宏的回憶，陳水扁述說黃芳彥等人的抗疫過程，在36小時「抗煞大作戰」中，他們將和平醫院重大確診病患轉送國軍807總醫院收治隔離。為安撫心有疑慮的醫護人員，黃芳彥自告奮勇住進國軍807總醫院，並全天候陪同醫護人員、同生共死，直到疫情解除。
陳水扁透露，當時黃芳彥住進同時已寫好遺囑、交待後事。如今得知好友黃的死訊，陳水扁強調，當年有很多出名的抗煞英雄，「黃芳彥醫師絕對是非常重要的功成不居『無名』英雄！」
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