《蕃薯村總動員》發行宗旨為啟蒙幼兒「安全概念」「國家意識」，並落實學齡前的全民國防教育的目標，不過內容涉及影射疑慮，引發關注。針對繪本內容被趕走的大野狼，被聯想是指中國，提及偷水果食物也疑似影射是掠奪資源。
對此，國民黨立委林奕華：「他在表示就是在掠奪，掠奪大家的財產，那我覺得這會讓大家影射到，當初國民政府來到台灣的時候的狀況，所以會讓大家聯想到會挑起族群的對立。」
據了解，該繪本教導3至5歲學齡前兒童，也讓不少老師大嘆好尷尬，林奕華說：「幼兒園有反應說，怎麼感覺回到中國大陸一樣，像搞文革的方法，就是要從娃娃開始抓起。」另外，立委李德維也表示：「讓人家有洗腦甚至於有這種，等於是灌輸小小孩敵我意識的概念。」
另外，李德維也質疑，同為防疫書籍，中國的等爸爸回家當中提到中國加油、武漢加油就被禁止，認為這本《蕃薯村總統員》政治意味更加濃厚且雙標。不過，教育部則強調這故事說明的是愛家愛國。
