台灣透過世界疫苗取得機制「COVAX」以及向廠商洽詢的方式，爭取目前已爭取到近2,000萬劑疫苗，其中20萬劑AZ疫苗已於20日通過緊急使用授權，最快在一週內抵台。
只不過國外傳出AZ疫苗可能帶來許多副作用，法國、瑞典部分地區暫緩施打觀察，指揮中心指揮官陳時中表示會密切注意國外情況。不過他們也整理了目前洽購的3家廠商的疫苗情況，包含莫德納（Moderna）與BNT／輝瑞疫苗，其中不論是哪家疫苗，都會發生注射部位疼痛的副作用，其餘還有疲倦、頭痛的情況，然而AZ疫苗的發生頻率在國外統計案例來說算是比較低的。
而如果疫苗的副作用造成身體嚴重的傷害，其實各國也都有相關的補償措施，例如世界衛生組織（WHO）會給予透過COVAX取得疫苗的92個中低收入國家的民眾申請補償，主要國家包含美國、英國、德國、中國、日本、紐西蘭等，也都會依照傷害程度不同來進行補償。
指揮中心疫情監測組組長周志浩指出，台灣民眾在接種武漢肺炎疫苗後，若發生嚴重的不良反應，可比照其他常規疫苗，根據《預防接種受害救濟辦法》，在專家審議評估後，確定與接種相關，死亡給付及極重度障礙給付最高為600萬元；而無法確定與預防接種關聯性，則給付金額最高為350萬元。
副作用造成的身體障礙分為輕度、中度、重度、極重度4大類，給付金額有所不同，而若造成疾病但未達障礙程度，最高可給付300萬元，未達疾病程度的不良反應也可最多獲得20萬元的補助，然而「常見、輕微之可預期接種後不良反應不予救濟」。
然而醫師林靜儀認為，其實台灣疫情相對穩定，大家對於疫苗施打的需求度沒那麼急迫，指揮中心也認為大家可以「依個人意願決定施打品牌」，只是時間上何時供應還不知道。她指出，現在比較需要先規劃的是優先施打群組的施打登記與順序，包含「怎麼登記？跟誰登記？登記時要不要填廠牌順序？」等問題，希望這些細節能盡快理清楚。
