2002年11月16日中午，台北捷運芝山站旁的陶園餐廳，正熱鬧舉辦農會總幹事兒子的喜宴，現場湧入近千名賓客，時任台北市議員的陳進棋也應邀出席，正當他準備走進餐廳，背後突然出現一名頭戴黑色安全帽、身穿黑色雨衣的男子，上前朝他連開3槍，前2槍擊中陳的左肩、左腰，陳倒地後，槍手再朝他心臟補了一槍，隨後跨上接應的機車逃逸。
喜宴現場竟傳出槍響，一開始賓客還以為是在放鞭炮，直到有目擊者大喊：「開槍了！」大家這才回過神，並立刻報警，將陳送往台北榮民總醫院急救，但因傷勢實在太嚴重，當天下午院方宣告急救無效，陳的死訊一出，震驚全國。
由於這是台北市升格直轄市35年來，第一次有議員當街遭槍擊，加上當時適逢台北市長、市議員投票前夕，身為候選人的陳進棋竟喪命，時任台北市長的馬英九及多位議員都前往醫院探視，並要求警方限期破案。
時任警方專案小組指揮官、現任刑事警察局偵三大隊大隊長的蕭瑞豪，回想當年偵辦經過，印象仍十分深刻。他告訴本刊，案發後傳言不斷，然而究竟是選舉恩怨，天然瓦斯或光纖網路的利益，還是因為調停幫派衝突引發殺機？第一時間根本無法釐清。但警方掌握可靠情資，指陳進棋遇害前幾天，曾經針對土方投資問題私下與人談判，由於事關數十億元的開發利益，懷疑與槍擊案有關。
