知情人士告訴本刊，盧天麟上任後不久，就開除另外3名員工，甚至對3人提出背信、洩密等告訴，這3人分別負責大型採購案對外公告、收標及驗收；開標後擬定合約；施工後監工及驗收。由於被開除的員工都是負責大型標案業務，加上盧計畫花數億元新建行政大樓及故事館，此舉也被懷疑是為了安插自己人。
地檢署偵查後認定，遭亞航提告的員工並未違法，通通給予不起訴處分，但盧天麟並未罷手，提出再議，仍被高檢署駁回，不起訴確定。盧不甘心，最後聲請交付審判，一樣被法院駁回。
另還有3名員工在盧到任前一年因家庭因素離職，但盧到任後卻發公告指該3人洩漏公司內部信件及董事會資料，還對早已離職的3人提告，最後3人都獲不起訴。員工認為盧為樹立威權，製造白色恐怖氣氛。
此外，亞航也被控誆騙10多名員工，將他們惡意資遣。部分被資遣的員工說，公司當時營收持續成長，總統蔡英文視察時還曾公開表示：「亞航這幾年的成績有目共睹，不僅接下了許多維修訂單，營業額也翻倍成長…」此外，那段期間亞航也透過人力銀行招聘員工，並自辦訓練班培養新人，完全沒有業務緊縮的狀況。
不過，亞航前年突然宣布裁撤工程處，人事主管還把15名員工單獨叫進小房間，要他們簽署「自願離職同意書」，說會依法發放資遣費，甚至恐嚇員工若拒絕簽署，一樣要離職，但不會有資遣費。因事發突然，員工們都很緊長，只好乖乖配合簽署，事後他們詢問工會才知道中計，許多人的資遣費都被短少計算，有人因此提出民事告訴，目前官司仍在法院審理中。
一名亞航資深員工指出，依公司內規，員工須犯錯遭重懲，才會被資遣，但這些被資遣的員工沒有一人曾被處分，他們全都是盧天麟專斷獨行的受害者。員工痛批，工會出身、當過勞委會主委的盧天麟，擔任官股公司董事長後，竟帶頭欺壓員工，盧花上百萬元公帑聘請律師對員工濫訴，員工不僅失業，還要耗費數十萬元律師費，身心飽受煎熬。
盧天麟回應
本刊求證盧天麟對於相關指控的回應，盧指出，陳姓員工復職後沒有被降薪水，他的所得完全沒有影響 。盧說，法院判決僱傭關係存在，亞航尊重法院判決，但判決並沒有說陳回來就要做同樣工作，因為陳姓員工已經不適合擔任總務組行政工作，因此讓他從事能力所及的工作 。陳姓員工被調到屏東後，曾向台南市勞工局申訴，最後和公司已經和解。
至於判決書已指陳姓員工被亞航指控於松山廠招標案教唆圍標，於台南廠採購契約有虛增清潔維護人力兩事，亞航所提出證據不足證明被有營私舞弊行為，不過陳姓員工復職後卻仍被依同樣理由記過。盧天麟對此則堅稱，「我們沒有欺負他， 按照勞基關係，我們還補償他很多錢，從台南到屏東上班， 我們還多給他錢。法官的判決認為他做錯，但他的罪不至於把他開除」。
對於被指控以司法手段追殺離職員工，盧天麟回應，「我身為亞航董事長兼總經理， 員工犯了錯誤，我不可以透過司法程序追究嗎?這樣能建立亞航的紀律嗎?」他仍堅稱這些員工不被起訴是因為法律要件問題，不是沒犯錯。
