《全明星運動會2》陸續發生采子搶閨密男友當小三、何孟遠影射元元是飯局妹與蘇麗文暗指參賽者有違運動家風度等等風波，然而討論度飆高、引發網友關注的同時，也帶動節目收視表現，未料屢創佳績的狀況之下，卻不見第3季蹤影。
有網友在《全明星運動會》的維基百科上發現，節目第2季預計於5月30日在高雄巨蛋錄製總冠軍賽、6月13日播畢，然而不似第1、2季無縫接軌，隔週接檔的為選秀節目《原子少年Atom Boyz》，該節目是詹仁雄製作的男團選秀綜藝，將由Ella（陳嘉樺）、周湯豪及謝坤達等藝人主持，預計於6月20日、與《全明星運動會2》同時段的晚間8點首播。
對於第3季的消失，《全明星運動會》製作單位表示原本與台視就只簽了2季的約，但「我們從來沒把話說死」，盼外界能給點時間；台視對此則表示由於該節目是三立提案企劃，若須進一步詳細計畫，須要與三立確認，也強調「接檔節目一律以官方發布為準」。
