民航局發布新聞稿指出，指揮中心宣布防疫升級後，所有機場立即著手減少進、出口，且均採實聯制，進出人員需持通行證或透過QR系統登錄。此外，各處機場內之餐廳用餐亦均採實聯制，餐廳內依規定設置隔版提供餐飲，內候機室則全面禁止飲食。機場與航空公司之清潔消毒作業，亦比照上週台北市與新北市升級三級警戒時松山機場採取之作法，除要求各航空公司於各處登機門落實旅客登機前消毒作業；機場內每小時清潔消毒一次，每天晚上進行一次深度清消。
民航局表示，已協調各航空公司於今天下午3點30分起，國內線所有航班，旅客於辦理退票時，免收手續費，配合指揮中心決策，此一措施暫訂執行至28日24時為止。
民航局提醒旅客，各機場與所有航班清消要求均會加強，除旅客報到（包含自助報到機）、行李託運及貨物交寄櫃檯等處所提高清消頻率，機坪接駁車需於每趟次執行載客任務後均執行清消；民航局也請業者宣導旅客於登機前上廁所，並由航空站加強廁所清潔，國內線機上廁所原則不開放使用，但旅客如因生理因素仍有如廁需求，則由空服員於每次旅客使用後進行清消。
