針對嚴峻的武漢肺炎疫情，呂秋遠昨深夜於臉書po文，認為目前看起來，很難結束防疫第三級警戒，「我們只能期望，7月底以前可以降溫。」他談到自己唯一擔心的是台灣人耐力不夠問題，很快就會有許多的抱怨聲，完全忘掉去年的平安喜樂，只記得今年的哀鴻遍野。到時候就會有更多的人開始反對指揮中心，甚至唱反調、嘲諷、醜化這些公衛專家，「當因為長時間的第三級管制，經濟越來越差、民眾就不會體諒政府的管制措施，這時候，換人、換政府的聲音就會越來越大。」
呂秋遠表示，台灣人可體諒政府一個月，但許多人不會體諒政府一年，「因為繼續這樣下去，自己的經濟可能先倒。還體諒什麼政府？」若像國外封城又開城的管制情況，對於台灣人而言，肯定會認為政府無能。「覺得政府無能也無所謂，但就怕整體指揮體系已經不再被尊重，防疫戰線就會潰堤。」
呂秋遠呼籲大家，不管新增病例數有多少，能做的就是把自己照顧好。他認為政府現在能幫大家的，就是儘速採購疫苗，也請大家在忍耐一下，「去年沒有疫苗，最困難的時候已經過去，現在就是等待疫苗來臨，希望我們，都能自律的等待。」
最後，呂秋遠特別提到年長者的防疫狀況，呼籲大家要好好守住老人家，「因為對於口罩，他們是最搞怪的一群」，不僅要好好跟他們溝通，也請他們戴好口罩、少量出門，才能避免病毒，「這種病毒最可怕的就是重症，而重症，是很痛苦的。」
