台北市政府發言人陳智菡表示，2名確診的北農員工都住在基隆，疫調權限在居住地方政府，林右昌卻說是台北要疫調，酸「搞不清楚疫調規則」，並指基隆做完疫調上傳法傳系統，疾管署沒有通知北市，是市府擴大清查才撈出資料，也凸顯跨縣市疫調問題，並批「做賊喊捉賊」。且目前傳染源不明，如何直接斷定是在北農群聚感染？「身為首長，最好幾分證據說幾分話」。
基隆市政府代理發言人游本明回應，情緒性言論不予置評，但北市府繼續在狀況外。並指出2名居住基隆在北農上班的確診者，其中一人在疫調時說，居住在北市的同事6月7日就確診。依照北市發言人說法，該名確診者本該由北市疫調，且通知基隆市匡列確診者，但基隆市在6月12日獨立完成2名確診者疫調前，完全沒收到來自北市的通知。
另外，在疫調中得知2名確診者除了休假，都是從家中自行開車到北農上班，一位是獨居，一位與母親同住且母親同為北農員工，疫調結果顯示，2人是北農染疫受害者。並以去年2月8日寶瓶星號郵輪停靠基隆港為例，基隆市努力與中央合作化解危機，市長不會因為港務公司是交通部管的，就覺得和他沒關係。
