北農日前爆發群聚感染事件，北市府也緊急下令要讓相關人員全數施打疫苗防疫，不過近日爆出，有市場出現實際經營之攤商沒有被造冊，反倒是地主和房東走後門打疫苗的窘境，更有攤商在打疫苗後被發現確診的情況。對此，柯文哲則回應稱，北市府對於市場造冊無法查證，一切是建立在互信的基礎上。
柯文哲還表示，以政府立場，需要按「市場自治會」的造冊為原則施打，像是有些流通攤販本就是有來沒來無法確定；至於有攤商打疫苗後確診的部分，因為病毒本就有潛伏期，因此打疫苗跟PCR檢測是兩件事要分開處理，且打疫苗本就沒有保證不被感染。
另外，近日有出現板橋大遠百的確診案例感染源也來自批發市場，對此柯文哲則稱，市場如果沒有防備處理病毒當然會擴散，但過去市府已經投入大規格人力、物力做處理，因潛伏期關係這幾天一定陸續還是會有病例發病，但是北農還是可以控制的，以現在的科技還是處理得掉。
柯文哲也認為，打疫苗之後7到10天就會產生抗體，目前印度變種病毒也還不是台灣的主流病毒，後續再讓北農改建工地的工人也加入打疫苗行列後，市場危機應該7到10天就能解決。
至於近日北市對於部分夜市「微解封」引發爭議，柯文哲則認為，夜市本來就不在最初管制的八大行業之中，現在也不是漫無標準之開放，是先從影響民生最鉅的產業開始開放、對民生有影響先處理，下一步也考慮下一波會讓夜市攤商打疫苗。而夜市「微解封」之依據，柯文哲則表示是看病例數是否減少，有用Google Maps監測各行政區，非熱區才開放，像是南萬華就沒有解封。
不過，就在昨（29日）宣布開放夜市營業後，寧夏夜市便傳出未確實封路、店家也沒空確認實名制使防疫淪為表面的爭議，對此副市長黃珊珊則稱，市場內部都有派人監督民眾掃碼，攤商也有實聯制控制，因為攤販不做生意就沒有收入，目前已經停業1個半月，考量到生計和防疫要取得平衡，才會開放。
而近日北市也在中央規畫的簡訊實聯制之外再開發「台北通」掃碼，對此黃珊珊則稱，「台北通」跟中央的實聯制是互通的、可以一同使用，不過「台北通」還可以另外知道離場時間，本身亦有註記商家地址，有利於後續市府進行精準疫調。
不過，北市昨日確診病例數比新北還多，遭批防疫不力，黃珊珊則回應稱，大家都知道北市最近才剛完成上萬人快篩，快篩多、陽性數就多，但這樣做的目的是要把病例找出來不是淹沒掉，防疫也不是比數字，而是如何能夠斷掉傳染源跟傳播鏈。
記者會最後，記者則提問，今日資深媒體人周玉蔻在臉書上表示，只要今天確診個案數一公布，就可以證明「柯文哲隱匿北農染疫案，害得全台灣跟著雙北一起無法解封」，對此柯文哲怎麼看？
柯文哲則回應，中央政府應該要去思考，一開始可能他們會收買或聘用名嘴放消息，但有一天這些名嘴會反過來影響政府政策，質疑中央「怎麼會放任一個人更早宣布疫情資訊」？也表示最近很多名嘴都在打北市疫調不力，但其實北市人多，這些人也散布在各行政區，呼籲疫情時間不要再搞小動作。
