回顧2019年2月12日，是李登輝生前，柯文哲最後一次到翠山莊拜會李，當時同行的包括時任市長室主任研究員的李縉穎。柯文哲曾在一次媒體專訪透露，當時李登輝對他沒說太多話，但交代了「以後有什麼事就找王燕軍就好！」因為李該說的都已經告知王燕軍。
去年7月30日李登輝病逝後，10月7日王燕軍協助將相關後事辦完就辭去李登輝基金會祕書長職務，僅擔任源興居生技公司總經理，去年底再應邀前往花蓮台灣觀光學院擔任副校長，卻因校長請辭而意外代理校長。
據了解，去年底柯文哲就曾親訪王燕軍，探詢他是否可以加入市府團隊，但王燕軍表示李登輝交待的事情還有一部份要做，要到2021年中才可能完成。今年5月北市疫情大爆發之前，柯文哲再度與王燕軍會面，雙方主要討論議題與疫情有關；6月端午節前夕，柯文哲再次與王燕軍會面，2人懇談良久，並再次提出邀請，不過王當時仍婉拒，僅強調他願意提供相關建議，但不需要去佔缺。
近期因北農、環南市場等疫情疏漏連環爆，柯文哲對市府團隊運作私下頗有微詞，因此7月1日柯文哲再次打電話給王，並且直接跟王說，辦公室都準備好了，要他下週一（5日）就到市府報到，王燕軍才允諾加入市府團隊。
而王燕軍因將任職市府12職等有給職顧問，因此昨天他已向源興居生技公司董事長劉泰英辭去總經理及董事職務，而台灣觀光學院因已被教育部確認退場，王燕軍6月30日在規劃完成學生、教職員退場後的安排，已辭去相關職務。
本刊調查，不只是柯市府，去年10月李登輝後事辦完之後，包括民進黨政府高層親邀王燕軍見面，要為王安排國營事業等職務，不過王燕軍當時也以李登輝仍有交辦事務未完成為由婉拒。
