日前台北車站地下街爆出數起感染個案，研判可能是透過捷運的公廁傳播。北市今公布的確診個案中，仍有2例感染源不明，柯文哲表示，不明感染源是目前公衛上最頭痛的地方，因為不知道是誰感染的，而每個確診者被隔離前大概會再傳染給一個人，所以最重要的是比速度，不然疫情不會結束。
對於公廁是否可能造成傳染，柯文哲指出，北市府在檢討後，針對不同汙水下水道共做了36次的檢測，其中3次有發現病毒的RNA，表示病毒會在糞便中存活。
為了避免廁所變成疫情的感染源，柯文哲提出建議，民眾這段期間使用廁所，應蓋上馬桶蓋再沖水，避免含有病毒的氣溶膠顆粒汙染空間；但很多公共廁所為蹲式馬桶，沒有馬桶蓋，因此他也強調，上公廁應該全程戴好口罩，使用後務必洗手。
此外，北市府也將增加特定公共場所的清消頻率，特定場域如火車站、地下街、轉運站、百貨、市場、醫院、疫苗接種站或公告的公共場所，在開放或營業時間內，消毒頻率提高為「至少每2小時1次」，並依場所特性，每日人流開始聚集前要完成第1次清消。
