王必勝代表中央與北市府合作，擔任前進指揮所的指揮官，與副市長黃珊珊共同執行環南市場的防疫工作，花了9天的時間將疫情控制下來，然而柯文哲受訪時卻翻臉不認雙邊合作，表示口令都是北市府在執行，更指王必勝只是來出一張嘴，暗指他對於環南市場的疫情沒有貢獻。
對柯文哲的說法，中央疫情指揮官陳時中認為這是雙邊的合作，基於互相幫忙的心態，對王必勝這樣的批評「有點不夠厚道」；國民黨文傳會副主委黃子哲也指出，柯文哲身為市長與民眾黨主席，竟把砲火指向一個來前線支援的事務官，不僅是過河拆橋，也顯得他心胸窄小、格局狹隘；民進黨前祕書長羅文嘉則表示，他認為柯文哲「生病了」，建議他應該休養一陣子，讓自己冷靜下來。
柯文哲今在記者會當中再度被問到這題，他態度放軟，罕見公開道歉地表示，「我昨天回去自己反省過，我錯了，人家來幫忙，我們就說感恩就好，囉哩叭唆講一大堆幹什麼？」
不過柯文哲也說，自己的個性就是「藏不住表情」，因為心中氣不過。他解釋，當時萬華感染好不容易控制到一半、正在好轉，突然一個回馬槍，爆出北農跟環南市場的群聚，「我個人是醫療專業，你給我慢一兩天還是可以發現問題所在，」他指出，跨縣市的疫調是以居住所在地的縣市政府當主要的疫調機關，而環南市場爆發時，2/3的人戶籍不在台北而是在新北，等疫調做完傳到中央、再傳給北市時已經慢了2天，「這2天已經不知道傳染多少人」。
柯文哲表示，跨縣市的疫調系統問題不是一天就可以解決，後來他們用「非正式」的管道，才好不容易把情況控制下來，結果在疫情最緊張的時候，媒體都說「中央要接管」，他還心想怎麼可能接管，接著就有了聯合前進指揮所，並重提環南市場那次聯合記者會的爭議，稱自己原本都以為只是要開會。
對於王必勝，柯文哲說自己已經認識他很多年，「是醫界的好朋友，他是好人，我也沒有針對他啦，我還是要跟他說謝謝，不過是這樣啦吼，我覺得我這種缺點我自己回去會改進，不高興就給他拍下去，我回去會改進啦，不過對老百姓來說，疫情可以控制最重要」，批發市場的疫情已經控制下來，其他不重要的事情就算了，「這個是我個人要去檢討的，自己的修養要再進步一點」。
