連勝文在臉書上發出聲明表示，國民黨內部選舉即將開始，而黨務中立是維持黨團結的重要基礎，他呼籲黨中央相關同仁遵守中立，不要因黨務不中立造成黨再度分裂，但若無法維持完全中立者，就應離職，「而我為了貫徹這個理念，也在此宣布：自即日起，辭去國家政策研究基金會（國民黨智庫）副董事長及董事職位。」
連勝文表示，他感謝這段期間與他共事的智庫同仁。但他話鋒一轉提到，在智庫任職期間，看見智庫與黨內其他部門，橫向聯繫困難，造成如今黨內各部門再加上地方，變成多頭馬車、各吹各調，無法發揮整體的戰力。
他直言，智庫在去年中即準確預測，今年台灣疫苗將極度短缺，並將相關訊息多次於黨內會議提出，但黨內某些同仁卻認為不要「逆時鐘」，甚至在疫情爆發前的會議中，某同仁可能被民進黨認知作戰迷惑，或被綠媒網軍洗腦，居然直接批評他主張購買的BNT是大陸疫苗，且指智庫所提的疫苗護照問題，都是在講中國疫苗，「這種發言，真令人氣餒！」
連勝文也批黨中央，日前按鈴申告衛福部圖利高端，但在同時與黨高層關係密切的同仁，卻主動宣告要接種高端疫苗，「這種情況著實令黨內不知所措！也讓大家不知道在這議題上，黨的立場究竟為何？我們是否還要持續關注此議題？」
連勝文強調，國民黨在面對兩岸議題時，不能永遠只是害怕自己被「抹紅」，甚至在部分議題上直接跟進對手，以採購BNT疫苗為例，這種救人命的事早已超越個別政黨利益，「我們錯失超前部署的機會，又因顧慮會被抹紅，在關鍵時刻無法當機立斷，那就只能眼睜睜看著別人變成英雄，而國民黨卻被批評成『防疫一事無成』，令人扼腕！」
連勝文也指出，智庫做的各種民調顯示，國民黨地方縣市首長民意支持度非常高，與黨的支持度，存有相當落差，而這種落差似乎已變成一種趨勢，「這對明年選舉，會產生何種衝擊？我真的很擔心，若這種趨勢持續下去，國民黨未來恐怕連募集資源都很困難！」
