潘建志在臉書上表示，AZ、莫德納、輝端/BNT、高端這4支疫苗都被設計成要打二劑，因為第二劑疫苗會激發更全面更強烈的免疫反應，而有更好的保護力，理論上，第二劑的蛋白質抗原性質越接近第一劑，更容易被第一劑寫入記憶體的記憶性B細胞T細胞辨認出來，簡單來說，就是對混打而言效果越好。
潘建志說，如果只看胺基酸序列，上述4種疫苗在抗原表達上幾無差異，好像都能混打，但事情並沒有這麼簡單，潘建志利用「輸血不能亂混」為比喻，否則會出現免疫排斥反應。
提到高端疫苗，潘建志指出，高端是次蛋白疫苗，而世界各國還沒有其它的次蛋白疫苗上市，潘建志解釋，次蛋白疫苗是由生物反應槽裡大量培養的中國倉鼠卵巢的上皮細胞（CHO），經過基因改造的技術，生產出來S-2P蛋白當做抗原，加上佐劑，包裝成針劑，再打到人體裡。
潘建志認為，台灣要從頭開始做臨床實驗。加上高端的產能有限，還有民眾針對高端已有疫苗猶豫的心理因素（預約數字上很明顯較少），他建議高端疫苗，「現在專心放在自己『混』自己的第一劑和第二劑」，待保護力和安全性的數據更清楚後，再考慮混打。
而潘建志也分析並作出結論，對於疫苗混打，他指出，「莫德納混高端，不建議。莫德納混BNT，很可以。AZ混mRNA，好棒棒。」
