第12輪疫苗分兩階段，第一階段開放10月13日中午12點前完成意願登記者，30歲以上可預約BNT第1劑；55歲以上、7月16日前已接種莫德納第1劑者預約莫德納第2劑；38歲以上、7月30日前已接種AZ第1劑者預約AZ第2劑。第二階段則開放23歲以上預約BNT第1劑；18歲以上、7月16日前已接種莫德納第1劑者預約莫德納第2劑；18歲以上、7月30日前已接種AZ第2劑，及45歲以上、7月31日至8月6日已接種AZ第1劑者，可預約AZ第2劑。
不過台北市12個行政區，在昨日一開放BNT疫苗預約不到1小時就全都額滿，不少民眾上網哀號，明明自己條件都符合、也有收到預約簡訊，卻預約不到疫苗，不只是台北，連新北、台中都傳出一下就額滿的消息，甚至有住在新北的網友直接預約花蓮的接種站，打疫苗順便去旅遊。
對此，柯文哲忍不住又抱怨，先前1至9輪疫苗，北市開出的量能中央都只分配8成，到了第10輪，因為醫院覺得每次準備了100份，但中央都只讓80人來打，於是便自行縮減打疫苗的名額。
而這次第12輪，北市在第一階段開出的量能是21萬，但中央卻開放41萬人預約，第二階段疫苗量能有26萬，但中央只開放18萬人登記，柯P直指這一定會出問題，「應該是開多少就預約多少，不然就事先講。」柯文哲並指出，過去幾個月疫苗時有時無、時多時少，直言「造成地方打疫苗很大的困擾。」
副市長蔡炳坤也批評，依照北市的醫療量能，1週接種20多萬劑沒問題，但現在中央要北市2週內施打60萬劑，形容這根本是「傾盆大雨，一定會淹水」，認為打疫苗是要打好、打穩，不該這樣急就章、全部倒進來，「地方醫療量能根本無法應付」，並指出北市已經盡力了，疫苗施打不該這樣處理，只會造成民眾恐慌、市民對地方政府誤會。
