據《自由時報》報導指出，國安單位掌握相關資料，台灣的清大校友會與中國的廈門市政府、北京清華大學共設「清華海峽研究院」。該研究院據有中共的官方背景，卻在未經教育部許可的情況下，在新竹清大校內設立新竹辦公室，進行在台技術研發、攬才、投資等業務，涉嫌違反《兩岸人民關係條例》。
民進黨立委范雲質疑，清大被中共官方組織滲透，其目標是台灣的科學研究成果，從2016年成立到現在，「到底中共已經偷走多少東西？」認為不該以大學自治為由，放任校友會隨意行事，「中共可以上下其手的地方實在太多」，要求教育部啟動調查、釐清責任。
《中央社》報導，清大澄清指出，「清華海峽研究院」是由校友成立，服務校友推廣教育及創業機構，是向財團法人自強工業科學基金會轉租在學校的空間作為辦公室。清大強調，該機構不屬於清華大學，校方也未曾知悉或參與其中運作。
陸委會主委邱太三今（8日）上午赴立法院時，接受媒體訪問關於中共近日的動向，對於清大違法設置海峽研究院辦公室，他表示今年8月、10月有收到相關訊息，陸委會已函請教育部請清華大學做進一步了解。後續他們也會協助教育部針對問題進行釐清，若有違規將依《兩岸人民關係條例》作出處置。
此外，中共國台辦日前宣布「台獨頑固份子」，將行政院長蘇貞昌、立法院長游錫堃、外交部長吳釗燮名列其中，並下令禁止其及家屬進入中國；邱太三直言，對岸的作法顯示他們的心虛，強調在台灣任何和平的政治主張都是被容忍且尊重的，我方現階段不會仿照同樣的方式，禁止特定中國人士來台。邱太三也說，自己對台灣主權立場非常堅定，某種程度上也是「台獨頑固份子」。
