邱垂正今接受資深媒體人黃光芹節目《新聞不芹菜》專訪時，針對中國國台辦點名3部會首長為「台獨頑固份子」回應，陸委會一直都有掌握相關消息，去年以來對岸就有倡議這項名單，作用就是威嚇台灣，讓台灣社會噤若寒蟬，屬於認知作戰的一種。
邱垂正表示，中國近期要對台獨份子立專法進行終身追訴，但台灣不是香港，不屬於中國一部份，兩岸互不隸屬，對岸制定的法律對台灣人民沒有追訴力。對於《香港國安法》上路後讓許多民眾不敢前往香港旅遊、轉機，邱垂正指出，會持續關注情勢發展，若有必要將會制定反制措施，定會保衛國家安全與人民福祉，不會袖手旁觀。
對於「台獨頑固份子」事件，陸委會主委邱太三今於立法院表示，反制措施仍在研擬當中，將會參考國際社會如何做，而民進黨立委張宏陸問邱太三「是不是台獨頑固份子」，邱太三則回應「我對台灣主權的獨立是絕對非常頑固的」。
