對於柯文哲在元旦升旗典禮無法先進入總統府、獨自站在戶外長達40分鐘，府發言人張惇涵說明，由於府內準備的人數已超過80人上線，因此基於防疫考量，與主辦單位研議後，比照其他重要貴賓，先由工作人員引導柯文哲至活動現場就位，坦言如果有安排不周的地方，還請柯市長見諒，並感謝柯的出席。
然而此事並未就此平息，陳珮琪今（2日）中午在臉書po文憶及日前跨年後發生的情況，她描述當時離開跨年晚會回到家時已經將近半夜1點，晚餐沒吃的柯文哲到家後還吃了一碗泡麵，接著就說很累了，無法處理其他事情便先去睡了，因為元旦一大早5點40分要去總統府前升旗。
陳珮琪表示，總統府升旗是台北市長每年的例行活動，柯5點就起床梳洗，推算只睡不到4小時就出門參加升旗典禮，沒想到卻被迫站在府外吹冷風。陳佩琪為老公叫屈，強調總統府防疫嚴格，要求進府要有PCR陰性報告很合理，但可以事前請市府備妥就好了，「民選首都市長不需有特權，但享有和進入總統（府）內其他眾多貴賓一樣的權利！」
柯文哲重要心腹、民眾黨立委蔡壁如則批，今年已是蔡總統第6次的升旗典禮，認為這個失誤是總統府的刻意失格，打臉蔡總統發言所稱的「持續走向世界」，她也不滿府方事後只有一聲請見諒，讓她狠酸是「民進黨式的道歉」。
民眾黨稍早也在臉書再轟蔡政府，痛批府方只說一聲「請見諒」，是傲慢與敷衍的表現，更質疑這個離譜的行政疏失，背後是否有政治力介入，想用元旦升旗典禮來羞辱首都市長，還批蔡總統所謂的團結台灣說的好聽，但分裂台灣的就是民進黨政府。
民眾黨強調，「羞辱台北市長就是羞辱台北市民、元旦升旗不是民進黨的鬥爭舞台」，強調此事並非一句請見諒就能帶過，要求蔡英文總統應為升旗典禮上的失禮向台北市長和全體台北市民道歉。
