此案起因於2006年間，旅居澳洲的李慧芬回台灣，向當時的立委邱毅爆料，說她回台灣住君悅飯店及買精品等消費的300萬元發票，被堂姊種村碧君（原名李碧君）拿去給當時的第一夫人吳淑珍報公帳，當時的查黑中心檢察官追查後，揭發震驚全國的國務機要費案，後來的特偵組（已解散）更查出陳水扁家族涉及二次金改及海外洗錢等弊案，扁因龍潭購地等案遭判刑入獄後因病保外就醫，種村碧君則遭於2010年遭認定是國務機要費案共犯起訴。
一審及二審都判種村碧君有罪，全案上訴至三審後，最高法院不認同有罪判決，發回高等更審，高院更一審認為，種村碧君自2003年至2005年間，的確交付自己及他人平日消費的私人發票與吳淑珍，再由吳淑珍交予陳鎮慧辦理非機密費的國務機要費核銷事宜，共計領得542萬餘元，但並無證據顯示種村碧君與吳淑珍是共謀。
判決書指出，吳淑珍是在案發13年後，才表示曾向種村碧君說過總統府需要發票，至於先前的證言，則未敘及關於「總統府」用語，且始終堅稱並未告知索取發票的用途；種村碧君則說，自己給吳淑珍發票時，並不知發票要做什麼用，是後看媒體報導才知道國務機要費這個名目。
合議庭指出，難以苛求種村碧君在交付發票時，得以預見吳淑珍取得發票的目的，是為核銷陳水扁基於總統身分而得以支應的國務機要費，並對於吳淑珍主觀上具有不法所有意圖，有所預見或認識，因此判她無罪。
