2019年12月，類似SARS的傳染性肺炎開始在中國武漢現蹤，距離中國大陸僅一海峽之隔的台灣面臨嚴重威脅，疾管署副署長羅一鈞當時在深夜看到相關消息，立刻著手因應並回報，進而通知世界衛生組織（WHO）該疾病有人傳人的危險，疾管署研判中國大陸疫情已有明顯社區傳播及疫情擴大情形，因此於2020年1月20日宣布成立「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」，起先由周志浩署長擔任指揮官，然而隔日就出現首例境外移入確診病例，23日正式由衛福部長陳時中接任指揮官。
後來這個俗稱武漢肺炎的病毒被定名為新冠肺炎（COVID-19），並在2020年春天起開始急速蔓延到全世界，縱使已有疫苗推出，病毒仍不斷出現新的變異株，威脅民眾的健康，根據美國約翰霍普金斯大學新冠病毒資訊中心（Johns Hopkins Coronavirus Resource Center）統計，截至今日，全球累計確診病例數超過3.37億例，死亡人數逾556萬人，其中歐美許多國家直到今天仍是以每天數十萬人的新增確診數字在成長。
相較之下，台灣一路守到在2021年5月才首度爆發大規模的本土感染，讓國內防疫警戒提升到三級，但也在3個月左右的時間控制下來，並在8月降回二級警戒，雖然近日因為新變異株Omicron的入侵，讓疫情稍微再度緊張，但隨著國內疫苗覆蓋率的提升，威脅也不再像去年那樣險峻。據今日指揮中心記者會公布，國內確診病例數為1萬8,041例，851例死亡。
指揮中心成立至今2年來，幾乎每天下午準時召開記者會，前陣子才因疫情趨緩而宣布週日停開，未料又因Omicron的威脅再度恢復舉行。指揮中心針對國內每個新增的確診病例積極追查、匡列、隔離、檢驗，試著抓出所有可能感染源和黑數，希望盡一切力量防堵病毒傳染，這讓部分待過歐美的民眾覺得是相當特別，因為歐美疫情嚴重、醫療不堪負荷，除非是重症必須住院，否則只會要求確診者自己待在家裡治療。
許多網友今湧入指揮中心留言，「謝謝所有辛苦的防疫人員🙏」「謝謝你們那麼久以來的努力」「兩年了，辛苦了」「辛苦了，謝謝你們兩年來保護台灣。」
陳時中近日接受《中央社》專訪時表示，從防疫工作中可以學到，如果只是複製成功經驗而很少檢討，終究還是會失敗，台灣從去年嚴峻的疫情可以學到許多相關措施，相信未來再遇到疫情一定可以做得更好。陳時中回顧過去2年的防疫，認為策略大多正確，而最令他驕傲的是政府對公開疫情資訊的態度，就算是因為通報不及而必須用校正回歸的方式，政府也會在第一時間公布，他認為資訊透明才能得到民眾信賴，有助於建立民眾的信心，而這也是台灣疫情相較國外穩很多的關鍵。陳時中說，未來的防疫方向會以清零為手段，但不當作目標，希望避免防疫疲乏、兼顧防疫韌性，也要在考慮國家經濟與民眾財產等情況下將防疫做到最好。
