隨著黑巫師蓋勒葛林戴華德再度崛起，正準備控制整個世界，並且累積了許多追隨者，這也讓他成為更危險的威脅。阿不思鄧不利多則是唯一有能力阻止他的巫師，於是委託他的朋友和過去的學生紐特斯卡曼德率領一小群巫師、女巫師，加上一位勇敢的麻瓜組成一支軍隊。
這支軍隊成員包含：紐特、紐特的哥哥西瑟、紐特的助理邦媞、麻瓜烘焙師雅各科沃斯基、美國伊法魔尼魔法學院的教授尤拉莉席克斯，以及非裔法國巫師尤瑟夫卡瑪。軍隊中的每位成員都有點像是無法融入群眾的邊緣人，他們不屬於任何陣營，並且擁有不同的能力。他們組成一支特立獨行卻力量強大的巫師團隊，各自被派去執行不同任務，試圖拯救世界，但同時也不太知道該怎麼做到。
製片大衛海曼（David Heyman）用一個哈利波特迷都熟知的說法來解釋，他說：「鄧不利多召集的軍隊就像他在《哈利波特》電影中召集的軍隊，那時有哈利、榮恩、妙麗、奈威和丁，現在則是紐特、拉莉、邦媞、卡瑪、西瑟以及雅各。」
《怪獸與鄧不利多的秘密》除了將帶給觀眾充滿魔法的觀影體驗，也會深入探索這些角色，並且探討兄弟情、友誼、家庭及希望的普世性主題。視覺特效總監克里斯提安曼茲（Christian Manz）也說：「自從《哈利波特：鳳凰會的密令》（Harry Potter and the Order of the Phoenix）之後，我們就沒看過那麼精彩的魔法。」
導演大衛葉慈（David Yates）也表示：「這真的很有趣，我收到許多人的來信，說在疫情期間，他們會觀看這些電影尋求慰藉，因為在這個混亂的時期，魔法世界是個可以安全探索的地方。這讓我知道這些電影能幫助到人們…因為裡面有他們能產生共鳴的角色，我很感激這一點，因為這正是電影工作者所渴望發揮的作用。」
