以台南市黨部為例，有黨代表發現，各地黨部扣除人事費、辦公室事務費的業務費多半約幾十萬元而已，但台南市黨部去年一整年光是業務費支出就高達270萬多元，其中公投相關費用占了192萬多元，儘管該黨部呈報給黨中央的資料中，已在「收支摘要說明」欄位列出這些費用是用在公投宣傳專案活動的文宣品、口罩或公投宣傳手冊等項目，但有黨代表仍對經費支出的細項有疑慮，要求中評會介入調查，是否有違柯文哲創黨揭示的財政紀律，包括這些錢真的用在印製文宣？這些文宣品是全給台南市黨部運用？還是分配到各縣市？資源分配公平嗎？
至於嘉義縣黨部也有黨代表質疑，該黨部去年一整年的經費支出為86萬多元，但人事、事務費用全掛零，反而以「公投推廣專案活動文宣冊本印製」為名的業務費，就花了84萬元，同樣也應交代清楚。
此外，蔡壁如領導的選戰小組日前研擬推出「社群流量責任機制」，要求黨代表按讚、分享貼文，每月將結算粉絲專頁觸及率及互動次數，以此統計積分，儘管蔡強調只是鼓勵性質非強迫，卻令不少黨代表不滿，揚言抵制，替反蔡勢力添加柴火。
