因應COVID-19本土疫情，指揮中心設置確診者自主回報系統，要求確診者應主動回報衛生單位密切接觸者資訊。
指揮中心發言人莊人祥表示，當民眾接獲採檢PCR陽性時，疾管署會由門號「0911514588」，以簡訊方式通知，內容為「您為COVID-19確診個案，請前往自主回報系統網站並核對個人資料後，主動回報密切接觸者資料，並通知您工作或就學的聯絡窗口，謝謝您。」並提供確診者專屬一次性網址連結（網址開頭為https: //bbs.cdc.gov.tw/......）。
莊人祥表示，確診者送出資料後，該一次性網址就會消失，將無法再次編輯或填寫，以減少資安風險；指揮官陳時中提醒，若填寫資料錯誤，整體行政程序會增加很多，收到疫調居家隔離單或後續診療安排也會變慢，因此提醒民眾要檢查後再送出。
染疫者以身分證字號或居留證號碼後6碼進行身分驗證，進入系統填報疫調資料，需填寫4大問題包含，基本資料填寫、最早出現症狀日期或檢驗陽性日期、密切接觸者有哪些人、是否為3種高風險族群（孕婦、洗腎者、年齡大於65歲且獨居）。
莊人祥說明，填報時會顯示個人資料收集告知等，並要求確診者觀察目前是否有相關症狀等，包含兒童警訊表徵等。指揮中心提醒，自主回報系統不會要求確診民眾填寫完整的「姓名」和「身分證字號」或「居留證號碼」，切勿將與您的個人資料提供給無法查證來源的單位或人員。
針對密切接觸者，指揮中心說明，染疫者回想發病前2日至被隔離日的「可傳染期」期間，曾共同居住、工作或就學的人，是否有面對面或2公尺內，沒戴口罩交談、吃飯或接觸，且24小時內累計大於15分鐘，那人就算是密切接觸者；至於無症狀確診者，指揮中心直指，可以最早檢驗陽性日作為發病日。
確診者自主回報後，密切接觸者的同住家人是否直接開始居家隔離？莊人祥回應，同住親友可直接開始居隔「3+4」，地方衛生局會開立電子居隔單，而公司或學校密切接觸者，因是請確診者先填報公司或學校的聯絡窗口，系統將另以簡訊方式發送接觸者造冊模板的下載網址給聯絡窗口，由其提供接觸者名冊給在地衛生局開立電子居隔單，及進行後續居家隔離者追蹤管理作業。
密切接觸者與確診者最後一次的接觸日會視為第0天，次日則為第1天，前3天居家隔離要採取1人1室為原則，後4天自主防疫若要出門，則必須快篩陰才可，基本上每天一次，4天最多進行4次快篩。被媒體追問，照顧者的居隔時間從何算起？莊人祥表示，待小孩結束居隔後，照顧者才開始進行自己的居隔「3+4」。
有媒體詢問，確診者收到疾管署簡訊後卻不回報系統，是否有相關罰則？莊人祥回應，據據《傳染病防治法》第43條第2項，傳染病或疑似傳染病病人及相關人員對於前項之檢驗診斷、調查及處置，不得拒絕、規避或妨礙，違者可依同法第67條處6萬元以上30萬元以下罰鍰。
