據悉，林姓男童快篩陽性的CT值為18，但13日晚間卻發燒到42.4度，當晚7時許便被送往基隆醫院，經由小兒感染科楊宗彥醫師會診，大約晚間10點半左右，院方判斷男童懷疑為病毒性腦炎，屬重症，有照Ｘ光、給予氧氣、輸液、退燒藥、抗生素、抗抽搐藥等治療。不過，由於基隆長庚醫院只能收治輕、中症確診者，因此建議家屬轉往有醫療中心的小兒加護病房，也立刻通知衛生局，準備安排轉院。
基隆衛生局則回應，得知該男童個案後立即介入幫忙，並連繫台北內湖三總、台大、馬偕，但這幾家醫院都沒有病床，最後才聯繫上台北榮總還有病床，並於晚間11時56分安排聯絡救護車及護理師轉院，由基隆醫院和台北榮總對接，然而遺憾的是，男童送至榮總搶救6、7小時，仍在14日上午9點多宣告不治。
對此，醫療應變組副組長羅一鈞表示，有跟醫院、衛生局做初步了解，該名男童雙親皆未染疫，但男童接觸過一位非家人的照顧者而確診。男童出現咳嗽、流鼻水等症狀，家屬在家幫男童快篩陽性，當時體溫36.5度、血氧濃度正常不須氧氣，家屬12日下午將男童帶至基隆醫院急診，經過採檢後開立處方藥物讓男童回家休息。
13日男童PCR結果出爐為陽性，有透過簡訊通知家屬；不料男童晚間卻出現抽蓄、活動力不足的病症，家人將男童送至基隆長庚醫院急診，院方判斷也立即安排轉院，但當時聯繫上三總、台大、馬偕都沒病床。後來確定北榮有病床，晚上11點56分就開始安排救護車來接，這期間一直都有給予點滴、抗生素、抗抽蓄藥物治療，最後在14日凌晨2點轉出到北榮救治，然而男童仍不幸在14日早上大概 9點多過世。
該名男童個案，讓外界對於兒童醫療量能提出質疑，羅一鈞透露，基隆市衛生局與醫院於聯繫詢問轉院事宜期間，過程中都有給予應有的藥物治療。羅強調，把這些時序講出來只是跟大家說明整個安排的狀況，但中間細節有沒有什麼可以再加速，或者是可以再多掌握一些轉院的資訊等，指揮中心會再跟這個相關的衛生局、醫院討論。他指出，目前北部在台北這邊是有6張兒童專責的 ICU 病床，其中一張確實是在剛剛提到這位男童最後轉院成功的台北榮總當中，所以目前其實都還有床位。
另外，羅回應有初步先收到男童的死亡診斷書，有新冠感染合併急性腦炎，以及多重器官衰竭，但目前還無正式通報該個案到審查的部分，這會在完成病歷摘要搜集以及死亡診斷書後再去做確認跟審查，後續才會再公布。
